東京都発着の旅行がＧｏ Ｔｏトラベル事業の対象に10月1日から追加されることに伴い、赤羽一嘉国土交通相は18日、東京都の感染状況がステージ3（感染者急増段階）以上に悪化するなど、事業への追加が再延期された場合、旅行、宿泊の取り消しに伴うキャンセル料を予約者に請求しないよう事業者に働き掛ける方針を示した。事業者の実損分は国が補てんする。
東京都以外の道府県で、万が一、感染状況が悪化し、Ｇｏ Ｔｏトラベル事業からの除外が決まった場合でも、キャンセルに伴う扱いは同様の対応とする方針。感染拡大を防止する上で、「キャンセルをためらうことがないような制度にした」（赤羽国交相）。
また、10月1日以降の東京都発着の旅行に関して、既存の予約が事業の割引対象ではない場合、割引の適用を受けるには、現地決済などの一部を除いて、割引商品への予約の振り替えが必要になる。赤羽国交相は、予約の円滑な振り替えについて事業者、旅行者の双方に協力を求めた。
