熊本地震に伴う政府の「九州の観光復興に向けての総合支援プログラム」では、旅行需要を喚起する旅行費用助成の交付金以外に、被害を受けた中小企業などを対象にした支援制度が拡充された。建物や設備に被害を受けた宿泊事業者などが活用できる中小企業向けグループ補助金などの施策が掲げられた。
「中小企業等グループ補助金」（中小企業組合等共同施設等災害復旧事業）では、中小企業などがグループを形成して施設・設備の復旧に関する計画、経費を申請する。要件を満たせば、補助率は最大で国、県合わせて4分の3。事業予算の総額は400億円。中小企業庁が6月中に公募を開始する。
直接・間接的に被害を受けた中小企業、小規模事業者の資金繰り支援は6月1日に拡充した。日本政策金融公庫、商工組合中央金庫が「熊本地震特別貸付」によって長期、低利で融資する。信用保証では、信用保証協会が通常の限度額とは別枠で100％保証するセーフティネット保証4号を適用する。
この他、雇用調整助成金では全国的な特例に加えて、九州7県について助成率の引き上げを実施している。
